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上海交大兩支團隊斬獲國際基因工程機器設計大賽金牌

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上海交大兩支團隊斬獲國際基因工程機器設計大賽金牌(圖)

近日,合成生物學頂尖賽事iGEM(International Genetically Engineered Machine Competition)國際基因機器設計大賽2015全球總決賽在經過6天的激烈角逐后于海因斯會議中心落下帷幕,上海交通大學兩支參賽隊伍SJTU-BioX-Shanghai和SJTU-Software均獲得金牌。

上海交大兩支團隊斬獲國際基因工程機器設計大賽金牌1

SJTU-BioX-Shanghai團隊由生命科學技術學院、致遠學院的14名本科學生組成,指導老師為賀林院士和馬鋼副教授。他們今年的參賽項目為Cyano Pac-man(藍藻吃豆人),即在藍藻內構建具有顯著性脫鹽能力的生物脫鹽(biodesalination)系統。目前應用較廣泛的反滲透法等海水淡化技術,因能耗高而無法得到大規模地推廣,而生物脫鹽方法的開發正是致力于構建節能高效的脫鹽系統。團隊將光合細菌藍藻作為脫鹽底盤生物,將光驅動氯離子泵噬鹽菌紫質蛋白(halorhodopsin)作為脫鹽驅動器,將人工設計合成的暗誘導啟動子作為脫鹽控制器,構建出只依賴于自然光和黑暗條件的節能生物脫鹽系統。在實驗室模擬的脫鹽工作流程中,該生物脫鹽系統成功地將鈉離子和氯離子濃度降低了20%。團隊也在社會實踐工作中,探索出可能適用的藻水分離工藝,并且提出將生物脫鹽作為反滲透法的預處理步驟的觀點,為將來生物脫鹽的工業推廣作出了有益的嘗試,打下了堅實的理論基礎。

上海交大兩支團隊斬獲國際基因工程機器設計大賽金牌2

SJTU-Software團隊由生命科學技術學院、電子信息與電氣工程學院、生物醫學工程學院、媒體與設計學院的14名本科學生組成,由由生命學院韋朝春、歐竑宇和陳峰共同擔任指導老師。他們的參賽項目名為BASE,這個項目是對去年參賽隊伍的項目Easy BBKAn Easy Biobrick Blueprint's Package的完善和發展,在繼承了Easy BBK的主要功能,即整合了生物積塊搜索引擎、畫圖以及上傳功能之外,還對軟件的功能進行了進一步的完善,并將整個系統以web應用的形式實現,使得系統的使用更為方便快捷。團隊重新搭建起生物積塊的數據庫,在官方提供的數據源的基礎上,加入生物積塊更多的信息以衡量每一個生物積塊在實驗中的可靠程度,使得搜索引擎顯示的結果能夠按用戶需求或生物積塊的質量排序。團隊設計的生物積塊畫圖工具,不僅可以對智能指導生物積塊的設計,還為未來生物積塊的標準化表示提供了一種可能。同時,團隊設計的上傳工具可以直接通過在畫圖時將每個子生物積塊的信息與數據庫相連,使得上傳生物積塊的信息變得更簡單高效。BASE將幾個實用功能整合到一起,并以web應用的形式提供了方便的接入方式,給用戶提供了一種非常完整的體驗。這一軟件設計引起了評委的極大興趣,在海報講解環節和現場答辯環節均獲得了極高評價,希望能繼續深入開發。

iGEM(International Genetically Engineered Machine Competition)國際基因機器設計大賽是美國麻省理工學院(MIT)于2004年發起的一個大學生層面的有關合成生物學的競賽活動,發展至今已是合成生物學(Synthetic Biology)領域的最高國際性學術競賽,同時也是涉及數學、物理、電子、計算機等領域交叉合作的跨學科競賽,后成立專門委員會管理。iGEM要求學生自主選題,設計并構建生物系統在工程菌中實現表達和操控,旨在鍛煉學生的自主創新和團隊協作能力,同時培養其對科學的熱情。該項競賽也為不同國家、不同專業的大學生提供了一個相互交流的國際舞臺。今年的iGEM競賽吸引了全球270支隊伍參賽,競爭相當激烈,其中包括了麻省理工學院、哈佛大學、劍橋大學、海德堡大學等世界一流學府的代表隊,國內共計61支代表隊參賽。

該項賽事學術價值極高,每年均有參賽項目被Science、Nature等頂級期刊收錄。此外,iGEM的比賽內容還包括各種各樣的非實驗任務,例如設計介紹項目的海報、開展以推廣合成生物學為目的的社會活動等,對參賽者的綜合能力要求非常高。

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