1、中央機構

全國高等教育自學考試指導委員會（簡稱“全國考委”）：是全國高等教育自學考試工作的領導機構，負責全國高等教育自學考試工作。全國考委委員是由教育部、發改委、中組部、中宣部、財政部、勞動部、人事部等部門的負責人，軍隊和有關人民團體的負責人，部分高等學校的校（院）長、專家、學者組成。

教育部高等教育自學考試辦公室是教育部設立的自學考試工作管理機構，該機構同時作為全國考委的日常辦事機構。

高等教育自學考試專業委員會：全國考委根據工作需要設立若干專業委員會或專家小組，負責擬訂專業考試計劃和課程自學考試大綱，參與編寫和推薦適合自學的高等教育教材，對本專業考試工作進行業務指導和質量評估。各專業委員會或專家小組由本專業水平較高的專家學者組成。

全國教育考試暨自學考試研究委員會：由國內有關教育行政、教育學、教育測量學、教育統計學、考試管理等方面的專家、學者組成，是自學考試政策、業務研究的咨詢機構。

2、地方機構

各省（自治區、直轄市）、地（市）設有高等教育自學考試委員會，在當地人民政府領導和上一級高等教育自學考試委員會指導下進行工作。各級教育行政部門設立高等教育自學考試辦公室，管理自學考試日常工作。

3、主考學校

由省考委遴選專業師資力量較強的全日制普通高等學校擔任。主考學校在高等教育自學考試工作上接受省考委的領導，參與評卷、助學活動，負責推薦專家參與自學考試工作，負責有關實踐性學習環節的考核，在畢業證書上副署。北京大學等501所全日制普通高等學校承擔了高等教育自學考試主考學校的任務。

4、解放軍自學考試

1996年，經全國考委批準，解放軍總政治部成立了全軍自學考試委員會，負責軍隊自學考試工作，開設了軍需管理、軍械管理、航空工程機務維修、軍事高科技應用與管理等專科和本科專業。部隊自考學歷國家承認。但是部隊自考考試科目無法和地方自考相對接。如考生參加部隊自考，離開部隊時尚未畢業，應與報考的部隊主考院校聯系，解決后續學習及辦理畢業手續等問題。

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