圍繞創新驅動戰略，大力推動協同創新，吉林大學創新能力持續提升。2012年，學校新立項科研項目2300余項，自然科學和社會科學到校科研經費突破12億元；獲批國家自然科學基金項目近350項，經費2.95億元；獲重大研究計劃、重大儀器設備開發專項、國家重大專項、“863”支撐計劃各類千萬級重大項目12項。

堅持頂層設計、突出特色的原則，吉林大學成立了長春化學前沿、低碳汽車、非常規油氣資源勘探開發、高壓先進科學研究、東北亞區域研究、歷史文化遺產與北方民族及疆域、司法文明、出土文獻與中國古代文明等8個協同創新中心。新增中草藥育種與栽培國家地方聯合工程實驗室，新增復雜條件鉆采技術、應用地球物理、東北亞礦產資源評價3個國土資源部重點實驗室以及13個吉林省各類重點科研基地。學校獲國家級科技獎勵3項，獲省部級科學技術一等獎18項。獲中國專利獎優秀獎2項、發明創業獎優秀獎1項。發表科學引文索引（SCIE）論文1973篇（收錄文獻2172篇），工程索引（EI）論文1777篇，科學引文索引被引情況（SCI）被引用2674篇8724次。獲得專利授權559項，含發明專利336項。學校《高等學校化學學報》、《高等學校化學研究》（英文刊）、《仿生工程學報》（英文刊）和《吉林大學學報（地球科學版）》，獲“2012中國最具國際影響力學術期刊”稱號，《吉林大學學報（工學版）》獲“2012中國國際影響力優秀學術期刊”稱號。學校有1個教育部創新團隊、2個國家杰出青年基金、4個優秀青年基金獲得批準。哲學社會科學重大項目立項取得新突破，高層次項目立項數量繼續保持國內領先地位，2部書稿入選《國家哲學社會科學成果文庫》，13部書稿入選《高校社科文庫》，CSSCI收錄論文數保持連續5年的增長勢頭。獲立國家和教育部各類重大項目12項，創歷史最高水平。全年共獲立各級各類項目376項，實現年度到賬6503萬元，同比增長20.2%。

為提升服務區域經濟發展的能力，學校還成立了吉林大學工業技術研究總院和吉林大學現代產業技術研究院，與學校國家大學科技園等部門協同分工，共同推進產學研合作。學校《服務吉林發展與東北振興行動計劃》以及長吉圖開發開放研究進展良好，與大型企事業單位合作進一步深化。教育部、吉林省人民政府簽署繼續重點共建吉林大學協議，進一步加大與政府及大型企事業單位的合作力度，協助相關學科加入專業技術創新戰略聯盟，服務國家和地方經濟社會發展的深度、廣度和貢獻度大幅提高。作為教育部“藍火計劃”建立的重點高校，與四平市政府共建技術轉移中心，與徐州市政府共建“吉林大學徐州技術轉移中心”。學校組織參加了第十四屆深圳“高交會”，獲得優秀組織獎、優秀展示獎。

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