上海市在高等教育方面創新經費使用方式，探索實施“三個打通”“三個轉變”的經費投入使用方式，完善高校財務管理績效評價制度，確保教育改革措施有效落地。

“三個打通”，即：在部門預算中，打通生均公用經費與經常性專項經費，提高地方高校生均公用經費定額標準，逐步降低專項經費撥款比例，逐步由以專項經費投入為主轉向以經常性經費投入為主；在“十大工程”建設項目中，打通與地方高等教育內涵建設（085工程）相關的經費，即“高水平大學和一流學科專業建設工程”“高等學校知識服務平臺建設工程”和“教育國際化重點建設工程”的經費。由學校在“分類指導、特色發展”框架內統籌使用，允許高校根據自身實際發展需要對項目方案進行調整。在教師隊伍建設項目中，打通不同種類的高校教師隊伍質量提升項目、計劃和工程的經費，重點向高校教師隊伍建設傾斜，推動地方高校績效工資改革。“三個打通”旨在避免教育管理工程化、項目化傾向，減少硬件建設上的重復浪費，由注重具體的分散性項目向注重高校自主發展能力的整體性項目轉變。

“三個轉變”，即：在部門預算中，由過去的以專項投入為主轉向以經常性投入為主；在市級專項投入中，由過去的以各專項分散投入為主轉向以學校為單位的整體投入為主；在專項投入結構上，由以硬件投入為主轉變為逐步增加人員經費支付比例，提高和改善教師待遇。“三個轉變”旨在加大對高等教育經費支出結構的調整力度，促使高等教育經費投入方式與高等教育制度創新相適應，給予高校更大經費統籌權，增強高校自主發展能力。

完善高校財務管理績效評價制度，自2009年起制定市屬高校財務管理績效評價指標，采用學校自評、相關處室評價、專家評分、現場抽查、綜合評定方式，對市屬高校財務管理績效進行評價。同時，結合財政、審計部門新要求，將財政專項資金和會計年報審計結果等內容調整為常規績效評價指標，同時引入會計領域中具有一定資質的第三方評價機構和教育評估機構分別進行評價，進一步提高高校財務管理水平。

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