James Cook大學設有7大學院：文學院、生化醫學和保健科學學院、商學院、教育學院、理工學院、法學院和科學院。

院系專業：（本科和研究生）會計學，MBA，旅游管理學，應用科學，文學，生物醫學，商科，社區福利，建筑管理學，經濟學，教育學，土木工程學，化工學，計算機科學，電子學，電機學，環境工程學，機械學，信息技術，新聞學，法學，音樂，管理學，心理學，護理學，植物學，生化學，地理學，化學，工業化學，地質學，數學及統計學，海洋生物學，物理學，微生物學，動物學，生理學，戲劇，社會工作，熱帶海洋及環境化學，視覺藝術，（雙學位）文學和法學，文學和科學，心理學和教育學，科學和法學，生理學和科學，（專科）商業設計美術，攝影學，博物館研究，女性研究。

MBA：只需一年即可完成。

杰出課程：熱帶獸醫學，海洋生物學，應用科學

大學醫學院為學生提供6學年度的本科生課程（博士水平），是在傳統教學基礎上增加重點在農村和土著的關鍵課程，此外還有熱帶醫學課程。

大學工學院計算工程碩士課程將重點培養截至2011年國際上奇缺的計算機仿真、數值模擬及計算分析高級人才。學校將為成績優秀學生提供部分生活費獎學金。學生完成在澳學業后有望在汽車、機械、航空航天、造船、土木建筑、國防、材料、礦冶、環境等中大型跨國公司獲取工作機會。畢業生起薪達到每年5至10萬澳元。

移民加分：由于詹姆斯庫克大學位于澳大利亞聯邦政府重點移民地區，在詹姆斯庫克大學完成兩年以上學習并獲取本科學士以上學科者，在技術移民打分上可望獲取額外5分，從而使詹姆斯庫克大學畢業生在獲取綠卡方面具有極大的優勢。

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