評審，即把各種申請材料郵寄給專家，由他們根據材料進行評審，對申請人做一個綜合評價。合格的人選便進入第二階段的會議評審。會議評審比較宏觀，基金委每年邀請40多位專家在文、理、工、農、醫、管理、經濟等幾個大領域內進行遴選。這些學者不僅有較高的學術地位，而且在各單位擔任重要的管理工作，視野寬闊，具備把握全局、運籌帷幄的能力，對國家發展和學科建設有細致的了解，可以站在較高的高度對選派工作進行最后把關。每年，基金委都要郵寄16000多份申請材料，從初審到人選的最終確定工作都是在封閉狀態下完成，整個過程持續4個月左右。
經過了1996年的改革，具體的管理和選派辦法都有了很大調整，基金委與留學人員簽定的協議也具有法律效益，督促公派留學人員擔起為國服務的義務。據統計，近兩年國家公派留學的回歸率超過95%，履約率接近100%。
當然，問題同樣無法回避。規模方面，每年公派留學的人數一直維持在3000人左右，人數上沒有明顯增加，這個規模已經越來越無法滿足國家的需求；期限方面，可選擇性僅能在3、6和12個月之間；學科方面，隨著國際上學科專業的發展和不斷變化，公派留學的針對性也愈顯欠缺。另外，基金委的工作范疇只注重在選拔過程中嚴格把關，對派出人員的對外聯絡和監督尚顯不足，對他們后期的留學情況更不甚了解。
從2003年開始，基金委將實施一系列的改革措施，首先對傳統資助的專業學科做了一次“大手術”，經多次征求有關方面專家的意見，去除了原先學科領域面面俱到、重點不突出的結癥，確定了優先資助的7大學科領域：通信與信息技術、農業高新技術、生命科學與人口健康、材料科學與新材料、能源與環境、工程科學、應用社會科學與WTO相關學科，其中包括130多個詳細專業。在申請和評審環節進行有針對性的選拔，把資助重點放在我國最急需發展的學科領域上。
派出類別也有改變。過去的高級訪問學者(高訪)和普通訪問學者(普訪)在資助力度和選拔條件上沒有明顯差別，差別更多地體現在訪問期限上。現在對于國家公派學者的類別作了更加明確的界定，資助的對象及條件也更加清晰。設立“高級研究學者”項目，每年選拔200名，所資助對象都是類似國家重點實驗室骨干的高層次學者，期限為3至6個月，每月資助1800-2000美元，比原先的高訪資助標準提高了一倍多。將原來的“高訪”和“普訪”類別合并，統稱為“訪問學者”，期限也調整為6至24個月。
在派出環節上加大了審核力度，包括一些細致的前期工作。例如申請人在獲得邀請信之后要先送到基金委進行審核，確定了出國研修內容與被批準的留學計劃一致后，方可派出。這樣，基金委對派出人員在國外的學習情況會有一個相對全面的了解。
個人申請環節方面，過去是外語成績達標才有申請資格，但很多申請人由于業務繁忙，沒有時間考外語，因而在申請留學方面受到限制。從2002年開始，申請人可以“先上車后買票”了--單位重點推薦的人員可以先申報，錄取之后再進行外語考試或參加外語培訓。但基金委明確規定：派出人員的外語水平必須達到規定的標準才能派出！因此，門檻兒并沒有降低，只是后移了，為申請人留出了足夠富裕的助跑空間。
對于各方面要求增派研究生的呼聲，楊新育解釋說：“研究生并不是簡單地多派就好，還要根據實際需要考慮。這是一個長期投資和長期效益相結合的工作。”她為記者算了一筆帳，一個博士研究生在美國或英國的費用為每年25000美元左右，三四年下來就是六七十萬人民幣。在公派留學經費沒有大規模增長的情況下，大量派出研究生是不實際的。此路不通，有沒有別的辦法呢？據楊新育介紹，針對研究生的派出工作，基金委已經設計了一個比較詳細的方案，并正在征求有關方面的意見，計劃先采取中外聯合培養等方式派出研究生。
此外，基金委還根據特殊需要設立了一些公派留學專項項目。其中值得一提的是根據國家西部開發戰略設立的“西部地區人才培養特別項目”。“為了支持西部地區的人才培養，調動西部地區的積極性，我們就要把這些項目做成西部省區自己的項目，讓他們根據自身特點，積極投入到項目的運作和管理上來。”楊新育說，在西部地區派出人員的管理上，仍采取簽約派出、違約賠償的辦法。但要求地方政府承擔相應的責任，比如將考慮由留學人員、地方政府(或派出單位)、基金委三方共同簽定協議書，明確各自的權利和義務。此外，要強調派出單位的作用和責任，以保證留學人員學成后能夠回到原單位、回到西部工作。目前基金委已和貴州、云南、四川、重慶等省市簽定了具體協議，國家的西部人才計劃已經啟動。
近年來，我國每年出國留學的人數達到了數萬人，其中自費留學占據了絕對多數。從數量上看，公派留學雖然不再是主要出國留學渠道，但因派出人員充分代表國家利益，因而被賦予了更為深刻的意義，僅從這個角度講，公派留學在整個國家發展戰略中的重要地位仍然無法取代。
國家留學基金資助出國留學部分獎學金項目一覽表
序號國別非面上申請項目名稱
1美國哈佛大學高級訪問學者項目香港恒生銀行獎學金項目
2加拿大中加學者交流項目(CCSEP)加拿大魁北克省政府優秀獎學金項目
3新西蘭新西蘭政府發展援助獎學金項目
4法國法國克萊蒙大學功讀經濟學博士學位項目(CERDI)法中科學及應用基金會獎學金項目(FFCSA)
中法歐洲法培訓項目
5德國CSC-DAAD聯合資助重點實驗室項目
6南非南非比勒陀利亞大學博士項目
7英國王寬誠獎學金項目英國倫敦大學學院合作項目英國曼徹斯特大學碩士學位聯合資助項目英國斯旺斯大學項目
8荷蘭荷蘭萊頓大學合作項目
9以色列以色列巴伊蘭大學博士后項目以色列政府單向獎學金項目以色列MASHAV項目
10新加坡新加坡南洋理工大學英語教師培訓項目
11韓國韓國KDI國際大學學院獎學金項目
12泰國泰國AIT項目
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